我国在发展生物天然气方面，具有原材料供应充足的优势。据估算，仅鲜粪和秸秆，全国每年产量就多达18亿吨，如果能将这些鲜粪和秸秆中的未利用部分进行转化，那么每年可生产约600亿立方米生物天然气。这是个相当惊人的数字，约等于去年我国天然气消费量的31.06%、进口量的96.15%。因此，发展生物天然气除了可以满足环保需求外，还能减少我国天然气对外依存度，保障能源安全。
不过，生物天然气虽好，但受种种因素制约，我国相关产业尚未形成规模，发展程度不及德国、瑞典等发达国家。究其原因，主要有两个：一是生物天然气成本居高不下，商业模式不成熟;二是生物天然气并入天然气管网存在市场壁垒。
风电、光伏发电的发展经验表明，生物天然气成本高的问题，可以随着国家补贴政策的实施和市场应用规模的扩大而逐步降低。而市场壁垒则因人为因素居多，且“破坏力”较强，亟待尽快解决。
《指导意见》提出，要加快形成专业化投资建设管理模式，建立县域生物天然气开发建设专营机制，培育和创新商业化模式，推进生物天然气无障碍并入城市燃气管网及配电网。显然，这些要求正是针对生物天然气发展两大阻碍因素的，只不过细化落地尚需时日。
另外，也有学者建议，国家应考虑将生物天然气纳入化石天然气范畴，而不是纳入沼气范畴，让生物天然气享受到与化石天然气一样的优惠政策;将沼肥列入有机肥补贴范畴，完善沼肥利用体系。二者的目标，都是使生物天然气更加具有商业价值，以吸引更多投资，促进生物天然气规模化发展。
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